存单账务处理是指金融机构向客户支付存款时，通过开立、修改、收回、注销存单等业务操作，将客户缴存的款项记录在账户上，进行存取款及息转等资金调拨的账务处理过程。存单账务处理可以分为活期、定期和通知存款三种形式。
开立存单的账务处理方式非常简单，它们只需要在存款账户中减少资金，并在存单账户中增加资金即可。修改存单的账务处理主要是通过更改存单的利率，确定存单的期限，以及更改存款金额等方式。而收回存单的账务处理则会将存单帐户中的资金汇总转移到存款账户中，同时会扣除息款。注销存单则比较简单，只是把存单账户中的资金全部转移到存款账户中，不再扣除息款。
转让存单账务处理则是在存单持有人因为某些原因不能再继续持有存单或者持有存单变动时，将存单转让给其他人。该账务处理由原存单持有人发起，需要首先在存单上签字确认，然后将存单转交给新的持有人，新的持有人也需要在存单上签字确认，最后将存单提交金融机构，由金融机构进行存单账务处理。
拓展知识：在存单账务处理中，还有一种叫做自由转存的操作，它是在存单的期限已满的情况下，但持有人想继续持有存单的情况下，由金融机构将存单账户中的资金自动转移到持有人的存款账户中，然后重新开立新的存单帐户，自由转存操作可以有效地节省持有人的时间和精力，使他们可以以更方便的方式继续持有存单。