会计税务抵扣账目的审计主要需要根据税收法规的规定进行，以验证企业在税务申报时，是否按照有关规定进行抵扣。
1、首先，抵扣账目的运算原理及审计要求。税收法规规定，企业可以抵扣进项税额、出账单据产生的税收（如营改增关系），也可以抵扣适用于某些特定行业的税收（如矿产税等），要求在账务处理上有明确的记录和说明。
2、其次，核查抵扣是否符合有关要求，应注意抵扣税额是否真实、合法，检查抵扣的税收是否与企业的经营活动有关，有关的凭证是否完整、有效，以及对应的税收是否已经缴纳等。
3、最后，抵扣账目应按照有关财务报表的规定，经过合理的确定和计算，在企业的有关财务报表中得到记录和反映。
拓展知识：在审计抵扣账目时，也要注意一些抵扣限制，例如根据《中华人民共和国企业所得税法》和《企业所得税飞行抵免规定》，企业通常不能抵扣来自某些纳税人的税收，以及部分用途专用的税收和某些货物或服务的关税。