分公司注销有进项留抵账务处理的具体步骤是：
（1）参照国家财税的相关要求，仔细查阅原始凭证，确认是否存在进项凭证及税控系统中的实际留抵；
（2）根据实际业务情况，确认是否存在分公司注销有进项留抵的情况，核实有进项税额未留抵；
（3）了解和记录公司注销前后业务方面处理情况，并做好相应记录；
（4）根据实际情况具体处理：确认发生进项税额留抵，可按照先：凭证日期排序，优先核销后勾抵实际剩余的进项税额；
（5）对实际核销后无法优先核销的进项税额，则全部归入公司注销有进项留抵税负；
（6）审核税控系统中有进项税额的处理，并与核销凭证核对，按照实际情况填写好相关税控表格；
（7）根据注销金额，具体处理将凭证的进项税额归入应税裕贡金额，或转入公司注销有进项留抵税负；
（8）按照实际处理情况，核实税控系统中的税务账户（应税裕贡金额以及进项税额）处理情况，确保数据准确性；
（9）完成处理后，结合注销凭证，准备相关财务报表。
拓展知识：进项留抵是指企业在进行购销或租赁等主营业务活动时，发票上税额可以直接抵扣本期应纳税额，称为进项税额留抵。企业在结算时，可将进项税额独立留抵作为本期可直接抵扣的税款，以减少企业本期应纳税款。