子公司合作社的会计账务处理主要涉及以下几个方面：
一、账务处理：应确保账上日期正确，当期数据及时及准确，应定期核实与关联企业等维护内部账务系统，并经常对账务数据进行分析，以确保有效管理子公司合作社业务流程。
二、财务报告：根据合作社的规章制度，要及时准确的编制财务报表，提供有效的经营分析，把握企业经营方向。
三、成本核算：及时编制成本核算表，综合运用会计科目，把握企业的财务状况，为公司管理决策提供参考。
四、税务处理：会计要完成税收申报、税收核定等，确保出口税收、报关申报及其他税务工作顺利完成，有效减少企业的税务风险。
五、结算管理：会计需要做好应收、应付帐款的控制和管理工作，及时确认应收帐款，有效控制账务费用，保证经济效益的最大化。
拓展知识：子公司合作社碰到的问题不仅仅只局限于会计账务处理，还涉及多种法律法规问题，如营业执照、税务登记等，需要会计在办理财务报表和核算成本的同时，还要熟悉相关法律法规，确保账务处理符合法律法规要求。