对于已经代收了的工资，应当按照财务会计程序进行处理，首先要做的是进行“收支记账”，在财务会计账簿上记录实际收到的工资款项。然后，凭借这些支出单据，才能在财务会计软件上进行“现金流量记账”，将实际收到的工资记录在会计日记账中，并根据收支科目，分别记录在应收账款科目和支出科目中。最后，过账到总账中，以便进行完整的财务会计处理。
拓展知识：
财务会计程序主要分为三个步骤：收支记账，现金流量记账和总账过账。收支记账是收入与支出的实际记账，现金流量记账是收支科目的分拆细化记账，总账过账是将各项收支科目记录在总账中，以便进一步的财务会计处理。