增值税加计抵扣的做账原理是：纳税人在收入中计提出增值税，再以抵扣方式减少应纳税额，以减少税负。
一般来说，增值税的加计抵扣由税收管理部门和纳税企业分别实施。税收管理部门需要在税务系统上增加增值税加计抵扣功能。纳税企业则需要将采购材料等相关信息登记在增值税加计抵扣功能中，使采购材料获得税收减免。
其中，还需要纳税企业对增值税加计抵扣的材料開立正貨收入發票，把收入記入本公司增值税納稅計算表，把抵扣部分記入本公司增值税减稅計算表，完成增值税加计抵扣的有效性檢查，以及月度申報。
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