快递公司的账务处理一般包括对业务的财务处理，主要包括以下几类：一是对物流快递服务收入的核算，即计算服务费用和物流费用，并将其分配到不同的账户上以完成快件的发送；二是对物流快递服务花费的核算，包括劳动费用、物流费用和发送费用，以及物流快递供应商的款项；三是对税务服务的核算，在快递服务结算上，要向税务机关申报缴税，核算税后所得结果；最后还要注意各种费用的登记，包括服务费、物流费、税费等等。
快递公司财务处理的过程一般包括：登记台账、核算费用、盘点存货、发票管理、缴税以及结算等六大步骤。登记台账可以在物流管理平台上实现，记录物流过程中的货物收入、发出物流信息、物流费用、税费等；核算费用是指确定物流运费的类别和数目，并追溯费用的来源和去向；盘点存货，通过比对货物进出库存的物流信息，考察存货的安全性；发票管理，对运费的发票和货物发出时的管理，以及发票的查验和登记；缴税，按照相关法律法规或有关要求，向税务机关缴纳增值税、企业所得税和消费税；最后是结算，物流快递运费收入的结算文件和支付文件的编制。
除了上述的财务处理方法外，现代物流企业还采用更为先进的管理方法，如数字财务，数字化财务可以帮助企业节省财务处理的时间，加快财务报表的处理，并能够实现运营数据的精准化管理。另外，还可以借助物流管理软件等技术，搭建集运营、客户服务、资金管理、财务分析与决策等全流程的系统。这些技术可以帮助企业改善财务管理，提高企业的经营水平。