合同结算的账务处理包括计入应收款、计入应付款及结清账款三个步骤。
首先，在合同签订的时候，当财务审核确认合同的有效性，就要进行应收应付款的登记，将协议费用记录到应收账款中，同时也将实际应付费用记录到应付账款中，这样就可以管理合同结算中双方款项的流动。
其次，在合同结算的过程中，应收账款要根据实际怎么收取，一次性收取、按期付款或者以其他形式进行结算，应付账款也要根据实际应付情况而定，可以是一次性付清，也可以是按期支付，或者以其他形式进行结算。
最后，当应收账款和应付账款完成相应的结算时，应收应付款都已经结清，就要对账务进行结转，将款项转入到财务科目，货币资金账户或者其他科目，以确认账务已经有效地结算完毕。
拓展知识：合同结算必须严格遵循“签署协议付款、实际收货结清款项”的流程，从而减少付款存在的风险，保证收款者的安全。