支付合作社工资的做账，首先要了解做账的基本原则，包括准确、完整、及时、凭证齐全和记账本科目正确等基本准则。
1、 准确：每一笔账目应当准确无误，分录要全面准确，计量单位要和票据相符，金额要整数、有限小数或角分，不要有遗漏和多记等错误。
2、 完整：每笔账目要完整，每一笔收支账目应当表明来源、原因，不允许有概要或归类的账目，在记账过程中，必须严格按照实际发生的情况来把握，不能粗心大意。
3、及时：在付出货款后，应及时记账，最好是货款到账的那天就完成记账，才能保证记账完整、正确、及时。
4、凭证齐全：每笔账目需要开具相应的票据，并记录在账本里，如果没有凭证，则不能记账，这样才能避免账目超支或者被欺诈。
5、科目正确：在记账时，要把握科目的正确性，每笔账目的科目类别必须要准确，不能混淆，把应属一科目的账目归入另一科目。
拓展知识：另外，支付合作社在做账时，还需要采用分户账，把收支明细记录在分户账中，及时了解收支情况，以控制财务。